En el año 1980, don Fermín Chan, en ese entonces presidente de la Asociación China de Panamá, inició las gestiones para la construcción del centro educativo.
En 1986, finalizó la primera etapa de la construcción del plantel, que consta con acondicionamiento del terreno, construcción de la escuela primaria, el edificio de la administración que incluye la biblioteca, el aula máxima y el área de estacionamiento. Para ese mismo año se anuncia la apertura de la matrícula para el parvulario, primer, segundo y tercer grado.
El Instituto Sun Yat-Sen empezó labores en el año 1986, con 115 estudiantes y 10 docentes. Actualmente, su matrícula es de 1,750 alumnos.