- 20 por ciento del comercio de la Zona Libre depende de los procesos de compra venta con Colombia.
El 20 de julio de 2006 fue la primera vez que Panamá hizo una solicitud de consultas contra Colombia. La controversia en ese entonces se dio porque el país vecino estableció precios unitarios indicativos o estimados exclusivamente para la valoración en aduanas de determinadas mercancías originarias y/o importadas de Panamá y de otros países o territorios aduaneros especificados.
Sumado a esto se dio el hecho de que las mercancías importadas de Panamá o China podían entrar a Colombia por determinados puertos, además Colombia indicó que las facturas comerciales de las mercancías procedentes de la Zona Libre de Colón debían contener fuera de los requisitos habituales, el nombre, dirección y número de identificación Tributaria del comprador colombiano. El 1 de diciembre de 2006 Panamá dio a conocer que ambos países habían llegado a una solución mutua. Un año después, el 12 de julio de 2007, Panamá volvió a solicitar la celebración de consultas con Colombia por temas de precios indicativos aplicables a mercancías específicas, y restricciones de los puertos. Entre los años 2007 al 2009 se llevaron a cabo diversas situaciones, hasta que el 23 de febrero de 2010 Panamá y Colombia notifican a la OSD (Órgano de Solución de Diferencias) los procedimientos acordados.
Además de Colombia, Panamá ha llevado otros casos como en diciembre del 2012 cuando socilitó la celebración de consultas con Argentina por medidas impuestas por este último país en el comercio de mercancías y servicios. En otro de los casos, Panamá interpuso tres reclamos a la Unión Europea, por los regímenes de importación del banano. Por lo que ya Panamá ha elevado ante la OMC siete casos.
Pero, además, el país también ha sido demandado como fue en el 2005 cuando México pidió la solicitud de consultas contra Panamá en el caso de subpartidas arancelarias a la leche modificada.