La historia del Cristo Negro de Portobelo data de unos 355 años, y desde entonces se cuentan varias. Una señala que las olas del océano Atlántico llevaron la imagen hasta la playa de San Pedro de La Escucha y fue encontrada flotando por un indio llamado Kichimbanchi, quien la arrastró a la orilla. La segunda revela que la imagen del Cristo era llevada en un barco hacia Colombia o Perú, y el mal tiempo obligó a desembarcar en Portobelo.
Cada vez que este barco intentaba zarpar se desataba una tormenta que lo impedía. Al cabo de varios intentos, los españoles decidieron dejar la imagen en Portobelo, y desde entonces permanece allí. Casualmente, según se cuenta, se daba en Portobelo una terrible epidemia de viruela que diezmó a la población, y esta cesó milagrosamente, luego de que sus pobladores le pidieran el favor al santo.