Las medidas de protección para salvaguardar la integridad de los jurados de conciencia están contenidas en el artículo 332 del Código Procesal Penal.
Dicha legislación presenta una lista de once medidas de protección que no son exclusivas para los jurados de conciencia, sino que abarca a los testigos protegidos, jueces y otros actores en el proceso.
En el caso de los jurados de conciencia, la norma señala que se tiene que omitir en las diligencias que se practiquen las generales o cualquier otro dato que sirva para identificar a la persona protegida. En la práctica, la lista solo cuenta con el nombre y el número de cédula de la persona, para manejo público, la información detallada de las personas es administrada por un equipo que asigna el Órgano Judicial, que se encarga de elaborar la lista oficial de los que van a ser jurados.
Los jurados de conciencia son buscados en un bus especial a su lugar de trabajo, bajo fuertes medidas de seguridad hacia el tribunal y no se pueden reusar.
Posteriormente son enviados a una habitación acondicionada dentro de las instalaciones de la Corte para que puedan descansar antes del juicio.
La norma establece que se debe impedir que la persona sea fotografiada o se capte su imagen por cualquier otro medio.
Luego de terminar el juicio, quienes conforman el jurado son llevados hasta la puerta de su propia residencia en el vehículo del Órgano Judicial.
En el caso de que la audiencia se extienda por más de un día, las personas son alojadas en un hotel de la localidad y pueden hacer una llamada para que un pariente les pueda llevar ropa.
Estas personas no pueden salir de la habitación, no tienen acceso a llamadas ni a la televisión.
Los jurados de conciencia tienen el beneficio de tomarse el día libre posterior a la audiencia.