Desde el año 2002 hasta la fecha, algunas decisiones adoptadas tanto por el Tribunal Electoral (TE) como por la Corte Suprema de Justicia (CSJ) han enfrentado a estas dos entidades.
Uno de los primeros casos que produjo diferencias entre el TE y la Corte fue el del diputado Carlos Afú, a quien el PRD le había revocado el mandato, decisión que fue ratificada por el Tribunal Electoral. No obstante, Afú acudió a la CSJ a interponer una advertencia de inconstitucionalidad en julio de 2002 contra las resoluciones del TE, la cual fue acogida por la Corte, que ordenó suspender el proceso seguido.
Las candidaturas independientes para presidente de la República también fue otro punto que marcó las diferencias entre el TE y la CSJ. En este caso, a solo tres días de las elecciones presidenciales de 2009, la Corte declaró que era "inconstitucional" una norma legal que impedía postular a candidatos independientes.
El pleno de la Corte por mayoría declaró inconstitucional el artículo 233 del Código Electoral, que establecía que solo podían postular candidatos a presidente y vicepresidente de la República, los partidos políticos.
El 30 de marzo de 2009, el TE emitió una resolución en la que rechazó las 13 postulaciones de candidatos de Cambio Democrático (CD) al Parlacen, tras una denuncia interpuesta por miembros del PRD.
El TE alegaba que el partido no cumplió los trámites internos para escoger a sus candidatos, no obstante, la Corte, en un fallo del 10 de diciembre de 2009, declaró inconstitucional la resolución del 30 de marzo del TE, con lo que se les restituyó el derecho a ser elegidos.
Otro de los casos que enfrentó a la máxima instancia electoral y la Corte Suprema de Justicia fue el fallo que ordenó que a los candidatos que resultaron electos como diputados y representantes de corregimiento se les entregaran las dos credenciales.
Los magistrados, en ese entonces, argumentaron que, a pesar de que ya habían decidido que solo podían ocupar uno de los dos cargos, la Corte ordenó que se les entregaran las credenciales de ambos puestos.