Pagó una condena en los Estados Unidos y Francia por delitos relacionados con el narcotráfico y lavado de dinero.
En Panamá, fue condenado a 20 años de prisión por los homicidios del médico Hugo Spadafora en 1985, el mayor Moisés Giroldi en 1989 y por la masacre de Albrook en 1989 donde murieron nueve oficiales.
Noriega tiene pendiente otros procesos penales; uno de ellos es por el homicidio del líder estudiantil Heliodoro Portugal, ocurrido en mayo de 1970; también se le vincula a otros dos procesos por las desapariciones durante 1968 y 1969.